公司检查宿舍卫生并罚钱，这一行为大概率是不合法的。以下从不同角度进行详细分析：
一、公司罚款权的合法性分析
法律依据缺失：
- 根据《劳动合同法》、《行政许可法》和《行政处罚法》的相关规定，罚款是行政处罚的种类之一，只能由行使国家权力的行政机关或者法律授权行使行政权力的机构行使。因此，作为用人单位的公司，并不具有“罚款权”。公司直接对员工进行罚款，如因宿舍卫生不合格而扣钱，缺乏明确的法律依据。
规章制度的有效性：
- 即便公司有相关的规章制度规定了宿舍卫生不达标要扣钱，该规章制度的有效性也需满足一定条件。规章制度必须内容合法合理、制定程序民主（即经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定）、公示告知劳动者等。若公司未履行这些程序，或规定本身存在不合理性（如罚款金额过高），则该规定对员工不具有法律约束力。
二、公司宿舍卫生管理的合理方式
明确标准与管理规定：
- 公司应制定明确的宿舍卫生标准和管理规定，并要求员工遵守。这些规定应合理且合法，确保不侵犯员工的合法权益。例如，可以规定每周进行一次宿舍卫生检查，对于卫生不达标的宿舍，给予提醒或警告，而非直接罚款。
合理措施：
- 对于不遵守宿舍卫生规定的员工，公司可以采取合理的非罚款措施，如提醒、警告、进行一定的纪律处分或要求整改等，以促使员工改正行为。这些措施应旨在教育和引导员工，而非单纯地进行惩罚。
三、员工权益保护
合法权益：
- 员工在公司中享有获得劳动报酬、休息休假、劳动安全卫生保护等合法权益。公司应尊重并保护这些权益，不得随意侵犯。罚款行为可能侵犯员工的财产权，因此应谨慎对待。
维权途径：
- 如果员工认为公司的罚款行为或其他管理措施不合法或不合理，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。这是员工维护自己合法权益的重要途径。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如罚款通知、规章制度等，以支持自己的主张。
四、特殊情况下的合理性探讨
虽然一般情况下公司无权因宿舍卫生问题扣除员工工资，但在某些特殊情况下，如宿舍是公司提供给员工的特殊福利，并且在入职时员工明确知晓并同意遵守与宿舍管理相关的特定规定（该规定需合理合法），且该规定符合规章制度有效的条件，那么公司按规定适当扣钱可能具有一定合理性。然而，这种情况较为少见，且仍需谨慎处理以避免侵犯员工权益。
建议：公司应采取合理合法的方式来维护宿舍卫生环境，如制定明确的宿舍卫生标准和管理规定、采取合理的非罚款措施等。同时，公司也应尊重和保护员工的合法权益，避免随意罚款。员工在遇到不合法行为时，应积极维护自己的权益，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。