公司因检查卫生不合格而扣除员工休息的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
劳动合同约定：首先，需要查看员工与公司签订的劳动合同中是否有关于卫生检查和休息扣除的相关条款。如果劳动合同中明确规定了因卫生不合格可以扣除休息，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司可能在一定程度上有权这样做。但即便如此，这种扣除也应当合理，不能过度侵犯员工的休息权。
规章制度合法性：如果公司规章制度中有类似规定，但该规章制度未经民主程序制定、未公示或未告知员工，或者规定的内容违反法律法规的强制性规定，那么该规章制度对员工不具有约束力。公司不能依据这样的规章制度来扣除员工的休息。
二、从法律法规的角度
休息权保障：根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，员工享有休息休假的权利。公司无权随意剥夺或限制员工的休息权。除非法律法规有特别规定，或者员工同意，否则公司不能因卫生不合格等非法定原因扣除员工的休息。
处罚措施的合理性：即使员工确实存在卫生不合格等违反公司规章制度的行为，公司也应当采取合理的处罚措施。扣除休息作为一种处罚方式，其合理性需要受到严格审查。如果扣除休息导致员工无法得到充分的休息和恢复，进而影响其身体健康和工作效率，那么这种处罚措施显然是不合理的。
三、从实际操作和案例的角度
实际操作中的合理性：在实际操作中，公司因卫生不合格而扣除员工休息的做法往往难以得到员工的理解和接受。这种做法可能引发员工的不满和抵触情绪，进而影响公司的团队氛围和工作效率。
类似案例的参考：在司法实践中，类似因卫生不合格而扣除员工休息的案例并不多见。但即便有类似案例，法院在判决时也会综合考虑多种因素，包括劳动合同的约定、规章制度的合法性、处罚措施的合理性以及员工的实际损失等。如果公司无法提供充分的证据证明其扣除休息的合法性和合理性，那么法院可能会判决公司承担相应的法律责任。
建议与措施
公司角度：公司应当制定合法、合理的规章制度，并确保这些规章制度经过民主程序制定、公示并告知员工。在处罚员工时，公司应当采取合理、适当的处罚措施，避免过度侵犯员工的权益。如果公司认为员工存在卫生不合格等行为，可以通过培训、警告等方式进行纠正，而不是直接扣除休息。
员工角度：如果员工认为公司扣除其休息的做法不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司恢复其休息权。如果沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
综上所述，公司因检查卫生不合格而扣除员工休息的做法在大多数情况下是不合法的。公司应当遵守相关法律法规和规章制度，尊重员工的休息权，采取合理、适当的处罚措施来纠正员工的不良行为。如果员工遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。