结论：公司让员工休息并扣工资是否合法，需根据具体情况判断。在大多数情况下，这种行为是不合法的，但也有一些特殊情况可能合法。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
正常休息日扣工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，在正常的休息日（如周末或法定节假日），员工有权享受带薪休假，公司不得无故扣减工资。
- 如果公司因自身经营原因（如订单不足、设备维修等）安排员工休息，但在一个工资支付周期内未按照劳动合同规定的标准支付工资，也属于违法行为。
未经协商或未支付加班费的情况：
- 如果公司未经与员工协商，擅自安排在休息日工作，并且没有按照法律规定支付加班费或安排补休，那么扣减工资的行为是违法的。
- 根据《中华人民共和国劳动法》第九十一条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
二、可能合法的情况
员工请事假：
- 若员工在休息日向公司请事假并获得批准，公司可以按照规章制度扣除事假期间的工资。这要求公司有明确的请假制度，并且该制度已向员工公示。
与加班调休相关：
- 如果员工之前在休息日加班，公司安排了调休但员工拒绝或不配合调休安排，公司可能根据明确的加班和调休制度进行适当工资调整。但这需要公司有明确的加班和调休规定，并已提前告知员工。
经济赔偿：
- 在某些特殊情况下，如员工违反企业管理制度并给企业造成经济损失，用人单位可以要求员工赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
三、法律建议与维权途径
沟通协商：
- 如果员工认为公司扣减工资的行为不合法，首先应与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的原因并提供相应依据。
投诉举报：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，寻求政府部门的帮助。
劳动仲裁与诉讼：
- 如果投诉也无法解决问题，员工可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
总结：公司让员工休息并扣工资的行为，在大多数情况下是不合法的。员工应充分了解自己的权益，并在权益受损时及时采取措施维护自身合法权益。如果遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。