公司规定员工休息还倒扣工资是不合法的。

一. 正常休息扣工资违法

• 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。在正常的休息天里扣除工资是违法行为，侵害了员工的私人生活时间和工资权利。
• 如果公司在休息日要求员工上班，必须按照相关法律法规支付相应的劳动报酬，且不能强迫员工加班。若无法安排补休，则必须支付不低于工资百分之二百的工资报酬。

二. 年休假期间工资待遇

• 根据《职工带薪休假条例》，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，在年休假期间，员工的工资、津贴（不含中夜班津贴、保健津贴）、效益工资应按正常出勤发放。
• 如果公司违反规定，在年休假期间扣减员工工资，同样属于违法行为。

三. 员工权益保护

• 如果公司存在克扣工资的行为，员工可以到当地劳动局劳动监察投诉，或者申请仲裁要求支付工资。在申请仲裁时，除了要求支付拖欠的工资外，还可以主张经济补偿等权益。

综上所述，公司规定员工休息还倒扣工资是不合法的，违反了劳动法和相关法规。员工有权要求公司支付应得的工资，并可以通过法律途径维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。