关于单位收取港澳通行证是否合法的问题，这主要取决于具体的情境和单位性质，以及是否遵循了相关的法律法规和程序。

首先，我们需要明确的是，港澳通行证是公民个人前往港澳地区的合法证件，其所有权和使用权归属于公民个人。在正常情况下，单位是无权直接收取或扣留员工的港澳通行证的。

然而，也存在一些特殊情况。例如，对于某些特定岗位或涉及国家安全、机密等敏感领域的员工，单位可能会根据相关法律法规或内部规定，要求员工在特定时间内上交港澳通行证，以进行统一管理或防止未经批准的出入境行为。但这种情况必须建立在合法、合规的基础上，并且需要明确告知员工相关的原因和依据。

另外，如果单位以不正当的理由或方式收取员工的港澳通行证，如未经员工同意、未按照法定程序进行等，那么这种行为就是不合法的。员工有权拒绝这种无理要求，并可以向相关部门进行投诉或举报。

此外，我还想引用《中国共产党纪律处分条例》中的相关规定来进一步说明这个问题。根据该条例第九十一条的规定，违反有关规定办理因私出国(境)证件、前往港澳通行证，或者未经批准出入国(边)境的，会受到相应的纪律处分。这虽然主要是针对党员干部的规定，但也从侧面反映了国家对于出入境证件管理的严格性和重要性。

综上所述，单位收取港澳通行证是否合法，需要视具体情况而定。如果单位有合法、合规的理由和程序，并且明确告知了员工相关的原因和依据，那么这种行为是可以理解的。但如果单位以不正当的理由或方式收取员工的港澳通行证，那么这种行为就是不合法的，员工有权拒绝并可以向相关部门进行投诉或举报。