结论前置：扣押港澳通行证是否犯法，需根据扣押主体和扣押行为的合法性来判断。一般来说，非法定机关或未经法定程序扣押港澳通行证是违法的。
一、扣押主体与合法性
法定机关扣押：
- 根据相关法律法规，如《中华人民共和国出境入境管理法》等，公安机关等法定机关在特定情况下，如涉及刑事案件、出入境管理需要等，有权依法扣押个人的港澳通行证。
- 在这种情况下，扣押行为是合法的，且通常会有相应的法律文书或程序来支持。
非法定机关扣押：
- 如果扣押行为是由非法定机关（如个人、企业、非政府组织等）进行的，那么这种扣押行为通常是违法的。
- 非法定机关没有权力扣押他人的港澳通行证，这种行为可能构成对他人财产权的侵犯，甚至可能触犯刑法中的相关条款，如非法拘禁、侵犯公民个人信息等（具体取决于扣押的方式和目的）。
二、扣押行为的合法性判断
法定程序：
- 即使是由法定机关进行的扣押，也必须遵循法定的程序和条件。例如，必须出示相关的法律文书、说明扣押的理由和期限等。
- 如果法定机关在扣押过程中违反了法定程序，那么这种扣押行为也可能被视为违法。
扣押目的与期限：
- 扣押港澳通行证的目的必须合法，且扣押期限必须合理。如果扣押目的不合法或扣押期限过长，都可能构成对公民合法权益的侵犯。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果扣押行为被认定为违法，扣押者可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事处罚等法律后果。
- 被扣押者有权要求扣押者返还港澳通行证，并可能要求赔偿因此造成的损失。
建议：
- 如果您遇到港澳通行证被非法扣押的情况，建议首先与扣押者沟通，了解扣押的原因和期限，并要求其出示相关的法律文书。
- 如果沟通无果或扣押行为明显违法，您可以向当地公安机关报案或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司因员工违反公司规定而扣押其港澳通行证，这种行为就是违法的。因为公司不是法定机关，没有权力扣押员工的个人证件。员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助来维护自己的权益。
总结：扣押港澳通行证是否犯法取决于扣押主体和扣押行为的合法性。在遇到此类情况时，建议保持冷静并了解自己的权益和可能的法律途径来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。