针对您提出的“港澳通行证遗失了单位强制要求注销是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，关于港澳通行证遗失后的处理流程，根据相关规定，如果您的港澳通行证遗失、被盗，或者因破损、污损等导致证件信息显示不完整、电子芯片无法读取，您应当由本人向中华人民共和国出入境管理局委托的香港中旅集团、澳门中国旅行社或者内地设区的市级以上公安机关出入境管理机构递交申请补发通行证。在申请补发时，因通行证遗失、被盗的情况，您还需要签署遗失声明。这是您作为证件持有人应当遵循的法定流程。

接下来，我们探讨单位强制要求注销的合法性。单位通常没有权力直接要求您注销港澳通行证，因为港澳通行证是您的个人证件，其颁发、补发、注销等均由国家出入境管理机构负责。单位可以基于内部管理规定或安全考虑，要求您在特定情况下（如离职、调岗等）上交或不再使用港澳通行证，但这并不等同于注销证件。如果单位要求您注销证件，这通常是不合法的，除非有特定的法律法规或政策依据。

在您的情况下，如果港澳通行证遗失，您应当按照上述流程申请补发，而不是被单位强制要求注销。如果单位因此对您采取不当措施，您可以向相关部门（如劳动监察部门、出入境管理机构等）进行投诉或咨询，以维护自己的合法权益。

综上所述，港澳通行证遗失后，您应当按照法定流程申请补发，而不是被单位强制要求注销。单位通常没有权力直接要求您注销个人证件，如果因此产生纠纷，您可以寻求法律途径解决。希望这个解答能够帮助您更好地理解问题，并维护自己的合法权益。