关于单位是否有权收取员工港澳通行证的问题，这主要涉及到个人证件的保管权与单位管理权的界限。首先，我们需要明确的是，港澳通行证是公民因私事往来香港、澳门地区的法定证件，属于个人重要证件，其保管权应归个人所有。

从法律角度来看，单位通常没有权力直接收取或扣留员工的港澳通行证。员工因私事前往港澳地区，是其个人权利，只要符合相关法律法规和单位规章制度（如请假制度等），就有权自行办理并持有港澳通行证。单位若因工作需要或管理需要，可以要求员工在特定情况下（如出差、外派等）提供港澳通行证的复印件或相关信息，但无权要求员工交出原件或长期扣留。

当然，也存在一些特殊情况。例如，对于某些特定岗位或涉及国家安全、机密等敏感领域的员工，单位可能会根据相关法律法规或内部规章制度，对其出入境进行更为严格的管理。但即便如此，单位也应通过合法、合规的方式（如与员工签订相关协议、获得员工明确授权等）来管理员工的港澳通行证，而不是直接收取或扣留。

总结来说：

1. 港澳通行证是个人重要证件，保管权归个人所有。
2. 单位通常无权直接收取或扣留员工的港澳通行证。
3. 若因工作需要或管理需要，单位可要求员工提供复印件或相关信息，但应遵守相关法律法规和单位规章制度。
4. 对于特定岗位或敏感领域员工，单位应通过合法、合规方式管理其出入境事宜。

如果您遇到单位要求收取或扣留港澳通行证的情况，建议您首先与单位沟通了解具体原因和依据，并明确表达自己的立场和权益。若沟通无果或单位行为涉嫌违法违规，您可以向相关部门（如劳动监察部门、出入境管理部门等）投诉或寻求法律援助。