关于单位要求上交护照和港澳通行证是否合法的问题，这主要取决于单位性质、员工职位以及具体的规定要求。以下是一些详细的分析和解答：
首先，对于科级以上领导干部，根据相关政策规定，他们因私出国（境）的证件，如普通护照（因私）、往来港澳通行证（因私）等，是需要上交组织部门进行集中保管的。这是为了加强领导干部因私出国（境）的管理，防止违规出国（境）行为的发生。因此，如果单位是要求科级以上领导干部上交这些证件，那么这一要求是合法的。
其次，对于非领导干部的普通员工，单位是否要求上交护照和港澳通行证，则可能因单位性质、行业特点或具体规定而有所不同。一些单位，特别是涉及国家安全、机密或重要业务的单位，可能会出于安全考虑，要求员工上交这些证件。然而，这种要求并非普遍适用，且需要符合相关法律法规的规定。
另外，从广东省人民政府办公厅关于进一步加强护照管理的通知中，我们可以看到，对于因公出访人员，返回后是必须在规定时间内将护照缴交本单位人事（或外事）部门统一保管的。这是为了严肃外事纪律，防止护照的滥用或丢失。虽然这一规定主要针对因公出访人员，但也体现了单位对护照管理的重视。
总结来说：
如果单位是要求科级以上领导干部上交护照和港澳通行证，那么这一要求是合法的，且符合相关政策规定。
如果单位是要求非领导干部的普通员工上交这些证件，则需要根据单位性质、行业特点或具体规定来判断其合法性。在这种情况下，建议员工先了解单位的具体规定和要求，并咨询相关部门或法律专业人士的意见。
无论哪种情况，单位在要求员工上交护照和港澳通行证时，都应明确告知员工上交的原因、保管方式以及再次使用时的领用手续等，以保障员工的合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。