关于辅警上交港澳通行证是否合法的问题，这主要取决于具体的规定和情境。首先，我们需要明确的是，港澳通行证是公民因私出国（境）的证件之一，其办理和管理都受到相关法律法规的严格规范。
对于辅警这一特定职业群体，他们作为国家工作人员的一部分，其因私出国（境）的行为通常受到更为严格的限制和管理。根据《中国共产党纪律处分条例》以及《关于加强国家工作人员因私事出国（境）管理的暂行规定》等相关文件，国家工作人员在办理因私出国（境）证件，包括港澳通行证时，需要遵循一定的程序和规定，如经过批准、履行相关手续等。
关于上交港澳通行证的合法性：
如果上交行为是基于组织要求或规定：在某些情况下，组织可能出于管理需要或安全考虑，要求辅警等国家工作人员上交其港澳通行证。这种上交行为如果是基于组织的明确要求或规定，并且辅警已经被告知并理解了这一要求，那么这种上交行为是合法的。
如果上交行为未经个人同意或违反规定：如果辅警的港澳通行证被未经其同意或违反相关规定的情况下被上交，那么这种行为可能构成侵权或违规。辅警有权保护自己的合法权益，包括其因私出国（境）的证件。
进一步建议：
了解具体规定：辅警应首先了解自己所在单位或组织关于因私出国（境）证件管理的具体规定，包括是否需要上交、上交的条件和程序等。
咨询相关部门：如果辅警对上交港澳通行证的要求有疑问或不确定，可以咨询所在单位的人事部门、纪检监察部门或相关法律机构，以获取更准确的解答和指导。
保护个人权益：在确保遵守组织规定的同时，辅警也应保护自己的合法权益。如果认为上交行为存在违规或侵权情况，可以依法维护自己的权益。
综上所述，辅警上交港澳通行证是否合法取决于具体的规定和情境。如果上交行为是基于组织的明确要求或规定，并且辅警已经被告知并理解了这一要求，那么这种上交行为是合法的。否则，辅警有权保护自己的合法权益并咨询相关部门以获取更准确的解答和指导。