关于公司要求上交护照和港澳通行证是否合法的问题，这主要取决于公司的性质、员工的身份以及具体的管理规定。以下是我为您提供的详细解答：
一、一般员工情况
对于大多数普通员工而言，公司通常无权要求员工上交护照和港澳通行证。这些证件是员工个人身份和出入境权益的凭证，受到法律保护。公司若要求员工上交，可能涉及侵犯员工个人隐私和权益的问题，除非有特定的合法理由和程序。
二、特定员工情况
国家工作人员：
- 根据《关于加强国家工作人员因私事出国(境)管理的暂行规定》等相关文件，对于列入登记备案范围的国家工作人员（如党员干部），其因私出国（境）证件（包括护照、港澳通行证等）需要按照规定进行管理。
- 在这种情况下，公司（特别是党政机关、事业单位或国有企业）可能根据组织纪律和内部管理规定，要求员工上交或统一保管这些证件，以确保员工遵守出国（境）管理规定，防止违规行为的发生。
涉密岗位员工：
- 对于从事涉密工作的员工，公司可能出于安全考虑，要求员工上交护照和港澳通行证，以防止员工未经批准擅自出国（境）或泄露国家秘密。
三、合法性判断
- 合法情形：如果公司属于上述特定类型（如党政机关、事业单位、国有企业或涉及涉密工作的企业），且要求员工上交护照和港澳通行证是基于合法的管理规定和程序，那么这种要求可能是合法的。
- 非法情形：如果公司没有合法理由和程序，仅凭自身意愿要求员工上交护照和港澳通行证，那么这种要求可能是非法的，侵犯了员工的个人权益。
四、建议
- 员工方面：如果您对公司要求上交护照和港澳通行证有疑问或不满，建议首先与公司人力资源部门或相关领导进行沟通，了解具体原因和依据。如果认为公司的要求不合理或违法，您可以向当地劳动监察部门或相关部门进行投诉和举报。
- 公司方面：如果公司确实需要管理员工的护照和港澳通行证，建议制定明确的管理规定和程序，并确保这些规定和程序符合法律法规的要求。同时，公司应尊重员工的个人权益和隐私，避免过度干预员工的个人生活。
综上所述，公司要求上交护照和港澳通行证是否合法取决于公司的性质、员工的身份以及具体的管理规定。在处理这类问题时，建议双方保持沟通、理性对待，并确保所有行为都符合法律法规的要求。