针对您提出的“年休假实际已休假但是忘了系统流程申请，公司不认”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益和公司管理流程的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、理解年休假的基本权益
首先，根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，劳动者在满足一定工作年限后，享有带薪年休假的权利。这是劳动者的法定权益，公司应当予以保障。
二、分析当前情况
- 实际休假情况：您已经实际休了年休假，这是事实基础。
- 系统流程申请：您忘了在系统流程中申请，这是管理流程上的疏忽。
- 公司不认：公司可能基于管理流程或内部规定，对未在系统流程中申请的休假不予认可。
三、可能的解决路径
与公司沟通：
- 首先，您可以尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明您已经实际休假的情况，并提供相关证据（如休假期间的考勤记录、工作交接记录等）。
- 强调您的休假是符合公司年休假政策的，只是由于疏忽未在系统流程中申请。
- 请求公司考虑实际情况，给予认可或提供补救措施。
查阅公司政策：
- 仔细查阅公司的年休假政策、员工手册或相关规章制度，了解公司对于年休假申请、审批和认可的具体规定。
- 如果公司政策中有关于实际休假但未在系统流程中申请的处理方式，您可以据此与公司进行协商。
寻求劳动监察部门帮助：
- 如果与公司沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门举报或投诉。
- 劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令公司限期改正违法行为。
- 如果公司逾期不改正，劳动监察部门还可以责令其加付赔偿金。
考虑法律途径：
- 在极端情况下，如果公司坚持不认可您的实际休假，并且拒绝支付相应的工资报酬，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
- 您可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的诉讼风险，然后决定是否提起诉讼。
四、预防措施
为了避免类似情况再次发生，建议您：
- 在休假前仔细了解公司的年休假政策和申请流程。
- 确保在休假前或休假期间完成系统流程申请，并保留好相关证据。
- 如果因特殊原因无法及时申请，及时与公司沟通并说明情况，争取公司的理解和支持。
五、总结与建议
虽然您忘了在系统流程中申请年休假，但您已经实际休假的事实是存在的。您可以先尝试与公司沟通，说明情况并提供证据，争取公司的认可。如果沟通无果，您可以考虑向劳动监察部门举报或投诉，甚至通过法律途径维护自己的权益。同时，为了避免类似情况再次发生，建议您在未来的休假中更加注意申请流程和相关证据的保留。