工厂以开早会迟到为由扣工时是否合法，需分情况讨论：

1. 若工厂规章制度明确规定迟到扣工时，且该制度合法有效：

   • 合法性前提：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或决定有关劳动报酬、工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，需经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。若工厂的扣工时制度符合这一民主程序且已公示，则具有法律效力。
   • 具体情形：若员工迟到，工厂依据合法有效的规章制度扣减相应工时，且扣减的工时未超出合理范围（如未导致员工当月工资低于当地最低工资标准），则这一行为是合法的。

2. 若工厂规章制度未规定迟到扣工时，或规定不合法：

   • 无制度依据：若工厂没有明确的规章制度规定迟到扣工时，或规章制度未经过民主程序制定、未公示或告知劳动者，则工厂无权以迟到为由扣减员工工时。
   • 扣减不合理：即使规章制度有规定，但若扣减的工时过多，导致员工当月工资低于当地最低工资标准，或扣减方式显失公平（如仅针对个别员工扣减），则这一行为也是不合法的。

3. 特殊情况下的考虑：

   • 迟到原因：若员工迟到是由于不可抗力因素（如自然灾害、交通事故等）导致，且能提供相应证据，工厂应酌情考虑不扣减工时或减轻扣减。
   • 工资支付：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定同样适用于因迟到等轻微过失导致的工时扣减，但需注意，迟到本身通常不直接等同于给用人单位造成经济损失，除非能证明迟到导致了具体损失。

法律建议：

• 对员工：若认为工厂扣减工时不合法，可先与工厂协商解决；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对工厂：应确保规章制度合法有效，并明确规定迟到等轻微过失的处理方式；在处理员工迟到问题时，应遵循公平、合理的原则，避免过度扣减工时或采取其他不当措施。

可能后果：

• 若工厂行为合法：员工需接受扣减工时的结果，但有权要求工厂提供扣减工时的具体依据和计算方式。
• 若工厂行为不合法：员工有权要求工厂补发被扣减的工资，并可能获得相应的经济补偿；工厂还可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决。

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