工厂因员工迟到几分钟就扣钱是否合理，需分情况讨论：
若工厂规章制度合法且明确规定了迟到扣钱的条款：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若工厂的规章制度经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定），且内容不违反法律、行政法规及政策规定，同时已向劳动者公示或告知，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
- 在此情况下，如果规章制度中明确规定了迟到几分钟扣多少钱，且该规定合理（如扣款金额与迟到时间、对工厂生产的影响程度相适应），那么工厂因员工迟到几分钟扣钱是合法的。
若工厂规章制度未明确规定迟到扣钱，或规定不合法：
- 如果工厂的规章制度中没有明确规定迟到扣钱的条款，或者规定的内容违法（如扣款金额过高，超出合理范围），那么工厂因员工迟到几分钟扣钱就可能缺乏法律依据。
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这意味着，即使员工迟到给工厂造成了经济损失，工厂也不能随意扣款，而是需要遵循一定的比例和限额。
关于扣款的合理性判断：
- 合理性判断主要考虑扣款金额与迟到时间、对工厂生产的影响程度是否相适应。例如，如果员工只是迟到几分钟，且未对工厂生产造成显著影响，那么扣款金额过高就可能被视为不合理。
- 此外，还需要考虑工厂是否对所有员工一视同仁，是否存在歧视性扣款的情况。
建议：
- 对于员工而言，如果认为工厂的扣款规定不合理或违法，可以先与工厂协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于工厂而言，应当制定合法、合理的规章制度，并确保这些制度已经向劳动者公示或告知。同时，在执行规章制度时，应当遵循公平、公正的原则，避免对员工进行歧视性处理。
总结：工厂因员工迟到几分钟扣钱是否合理，取决于工厂的规章制度是否合法、明确规定了迟到扣钱的条款，以及扣款金额是否合理。如果工厂的规章制度存在问题或扣款金额不合理，员工有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。