结论：员工迟到一分钟厂里扣钱是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、迟到扣款是否合理以及劳动合同或集体合同的约定等。
分析：
公司规章制度是否合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度中明确规定了迟到扣款，并且该规章制度已经过上述民主程序制定，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么该规章制度是合法的，公司有权依据其进行迟到扣款。
迟到扣款是否合理：
- 即便公司规章制度合法，迟到扣款也需合理。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 对于迟到一分钟这种轻微违纪行为，如果公司直接扣款且扣款金额较大，可能被视为不合理。例如，如果员工月工资为5000元，迟到一分钟扣款200元，这显然超出了合理范围，可能被认定为违法。
劳动合同或集体合同的约定：
- 如果劳动合同或集体合同中明确约定了迟到扣款的具体方式和金额，且该约定不违反法律、行政法规及政策规定，那么公司有权按照约定进行迟到扣款。
- 但同样，如果约定中的扣款金额不合理或违反了相关法律法规，该约定可能被视为无效。
建议：
对于员工：
- 首先，查看公司规章制度和劳动合同中关于迟到扣款的规定，了解自己的权利和义务。
- 如果认为公司扣款不合理或违法，可以与公司协商解决，要求公司退还多扣的款项。
- 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 制定规章制度时，应确保内容合法、合理，并经过民主程序制定。
- 在执行迟到扣款时，应确保扣款金额合理，不超过法律规定的限额。
- 加强与员工的沟通，解释迟到扣款的原因和依据，避免引起不必要的纠纷。
示例：
假设员工月工资为5000元，公司规章制度规定迟到一分钟扣款50元。如果员工认为该扣款不合理，可以向公司提出异议，并要求公司退还多扣的款项。如果公司拒绝退还，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在仲裁或诉讼过程中，仲裁机构或法院将根据相关法律法规和规章制度，判断公司扣款是否合法、合理，并作出相应裁决。