结论前置：公司因员工迟到一分钟就扣除全勤奖的做法是否合法，需结合公司规章制度的具体内容、制定程序以及劳动合同的约定来判断。以下分情况详细说明：

1. 若公司规章制度合法且已公示，且劳动合同中有明确约定：

   • 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将规章制度公示或者告知劳动者。
   • 如果公司的规章制度是依法制定且已公示，同时劳动合同中也明确约定了迟到一分钟即扣除全勤奖的条款，且该条款不违反法律、行政法规及政策规定，不显失公平，那么公司扣除全勤奖的做法可能是合法的。但即便如此，这种“一刀切”的做法在合理性上也存在争议，因为一分钟的迟到往往难以对工作造成实质性影响。

2. 若公司规章制度未依法制定或未公示，或劳动合同中无相关约定：

   • 如果公司的规章制度未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商确定，或者未公示或告知劳动者，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。此时，公司因迟到一分钟扣除全勤奖的做法缺乏合法依据。
   • 另外，如果劳动合同中没有明确约定迟到一分钟即扣除全勤奖的条款，公司也不能单方面以此为由扣除全勤奖。

3. 从合理性角度分析：

   • 即便公司的规章制度合法且劳动合同中有相关约定，从合理性角度来看，因迟到一分钟就扣除全勤奖也可能显得过于严苛。全勤奖的设立初衷是为了鼓励员工按时出勤，但一分钟的迟到往往难以对工作造成实质性影响。因此，公司在制定规章制度时，应充分考虑实际情况，合理设置迟到、旷工等情形的处理标准。

建议：

• 如果你认为公司的做法不合法或不合理，可以先与公司协商解决，要求公司说明扣除全勤奖的具体依据和理由。
• 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 在未来的工作中，也建议留意公司规章制度的制定和公示情况，以及劳动合同中的相关条款，以便在必要时维护自己的权益。

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