关于“公司迟到一分钟扣全勤是否合法”的问题，结论如下：

1. 若公司规章制度合法且合理，则扣除全勤奖可能合法
   根据《劳动合同法》第四条，公司制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤管理、全勤奖扣除规则）时，需经过民主程序（如职工代表大会讨论）并公示或告知劳动者。若规章制度明确约定“迟到一分钟扣全勤”，且该条款已通过合法程序制定并公示，同时扣除金额未超出合理范围（如未导致员工工资低于当地最低工资标准），则公司行为可能被认定为合法。

2. 若规章制度违法或不合理，则扣除全勤奖不合法
   若公司未履行民主程序制定制度，或未向劳动者公示，亦或扣除全勤奖的金额明显不合理（如占工资比例过高、导致实际工资低于最低标准），则该行为可能违反《劳动法》中“工资应足额支付”的规定，劳动者有权要求公司返还被扣款项。

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详细分析

一、法律程序要求：规章制度需合法制定并公示

根据《劳动合同法》第四条，公司制定考勤管理、全勤奖扣除等直接涉及劳动者利益的规章制度时，必须满足以下条件：

1. 民主程序：需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定；
   
2. 公示或告知：需通过张贴公告、组织培训、邮件通知等方式，确保劳动者知悉制度内容。
   

示例：若公司仅在内部系统发布“迟到一分钟扣全勤”的规定，但未组织员工学习或签字确认，则该制度可能因未履行公示程序而被认定无效。

二、合理性要求：扣除金额需公平且不违反法律强制性规定

1. 全勤奖的性质：全勤奖属于公司为激励员工出勤而设立的福利，其扣除规则应合理且与员工行为直接相关。若迟到一分钟即扣除全部全勤奖，可能被认定为“过度惩罚”，违背公平原则。
   
2. 工资支付限制：根据《工资支付暂行规定》，因劳动者原因造成经济损失的，每月扣除部分不得超过工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低标准。若全勤奖扣除导致员工实际工资低于最低标准，则公司行为违法。
   

示例：若员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，公司扣除全勤奖后员工实得工资为1800元，则超出法定扣除限额，属于违法行为。

三、劳动者权益保护途径

若公司行为违法，劳动者可通过以下方式维权：

1. 与公司协商：要求公司说明扣除依据，并协商返还被扣款项；
   
2. 向劳动监察部门投诉：劳动监察部门可对公司规章制度进行审查，并责令改正；
   
3. 申请劳动仲裁：若协商无果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被扣全勤奖及可能的赔偿。
   

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实践建议

1. 对公司：

   • 制定规章制度时，确保履行民主程序并公示；
     
   • 设定全勤奖扣除规则时，考虑迟到次数、时长及金额合理性，避免“一刀切”；
     
   • 定期审查制度，确保其符合最新法律法规要求。
     

2. 对劳动者：

   • 入职时仔细阅读公司规章制度，了解全勤奖扣除规则；
     
   • 保留考勤记录、工资条等证据，以便维权时使用；
     
   • 若遇违法扣除，及时与公司沟通或寻求法律帮助。
     

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总结：公司迟到一分钟扣全勤是否合法，需综合判断制度制定程序、公示情况、扣除金额合理性及是否违反法律强制性规定。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细法律分析。