结论：迟到几分钟扣除全勤是否合法，需根据具体情况判断，主要看公司规章制度是否合法合理以及是否经过民主程序制定并公示。

分析如下：

1. 公司规章制度合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 如果公司规章制度中明确规定了迟到几分钟将扣除全勤，并且这一规定经过了上述民主程序制定并公示，同时该规定不违反法律、行政法规及政策规定，也不存在明显不合理的情形，那么这一规定是合法的，公司可以依据此规定扣除全勤。

2. 规章制度合理性：

   • 即便公司规章制度经过了民主程序制定并公示，但如果扣除全勤的规定明显不合理，比如迟到几分钟就扣除全部全勤，而全勤奖励本身数额较大，这种规定可能被视为对劳动者权益的过度剥夺，从而被认定为无效。
   • 合理性判断通常需要考虑迟到时间的长短、迟到频率、对公司运营的影响以及全勤奖励的数额等因素。

3. 实际操作建议：

   • 对于劳动者而言，如果认为公司扣除全勤的规定不合法或不合理，可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 对于公司而言，在制定规章制度时，应确保规定合法合理，并经过民主程序制定并公示；在执行规章制度时，应严格按照规定执行，避免随意扣除劳动者全勤等权益。

举例说明：

• 假设某公司规章制度规定，迟到5分钟以内不扣除全勤，迟到5分钟以上但不超过30分钟扣除当月全勤的20%，迟到超过30分钟则扣除全部全勤。这一规定如果经过了民主程序制定并公示，且全勤奖励数额合理，那么这一规定是合法的。
• 如果另一公司规章制度规定，迟到1分钟就扣除全部全勤，而全勤奖励数额较大，这一规定可能被视为不合理，从而被认定为无效。

后续行动建议：

• 如果你作为劳动者遇到了类似问题，建议先查看公司规章制度中关于迟到的具体规定，并确认该规定是否经过了民主程序制定并公示。
• 如果认为规定不合法或不合理，可以与公司协商或寻求法律援助；如果公司坚持扣除全勤，你可以考虑向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

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