迟到几分钟是否应该扣全勤，主要取决于用人单位与劳动者之间的约定以及规章制度的合理性。以下是对此问题的详细分析：

1. 有明确约定的情况：

   • 若劳动合同、员工手册或规章制度中明确规定了迟到即扣除全勤奖，且该规定已经过法定的民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表平等协商等）并进行了公示或告知劳动者，那么用人单位有权按照规定执行。在这种情况下，迟到几分钟扣全勤是合法的。

2. 无明确约定或约定不合理的情况：

   • 若劳动合同、员工手册或规章制度中未明确规定迟到扣全勤，或者规定模糊不清，用人单位以迟到为由扣除全勤奖就缺乏依据。此时，员工有权要求支付全勤奖。
   • 另外，即使规章制度中有相关规定，但如果该规定明显不合理，如将轻微迟到（如几分钟）即视为严重违规并扣除全勤奖，这样的规定可能会被认定为无效。因为规章制度必须合理合法，不能明显不合理或排除劳动者的合法权益。

3. 实际操作中的考虑：

   • 在实际操作中，用人单位应考虑迟到的具体情形。对于偶尔迟到且有合理原因（如突发交通意外、身体不适等）的员工，用人单位可以酌情考虑不扣除全勤奖，以体现人性化管理。
   • 对于经常迟到且无正当理由的员工，用人单位扣除全勤奖是合理的，这既是对遵守纪律员工的公平对待，也是维护正常工作秩序的必要措施。

4. 公司规章制度的制定与审查：

   • 公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。规章制度的内容不得违反国家法律法规的规定，且应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。
   • 劳动者在遇到类似问题时，应首先查看用人单位的规章制度是否经过合法程序制定，并是否进行了公示或告知。若发现违规之处，可向用人单位提出质疑，并要求进行调整。

5. 应对建议：

   • 若您认为迟到几分钟扣全勤的规定不合理，可以先与用人单位进行沟通，说明情况并要求调整。
   • 若沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对用人单位的规章制度进行审查，并责令其进行改正。
   • 作为最后的救济手段，您还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付被扣除的全勤奖。在仲裁过程中，您需提供充分的证据来支持自己的主张。

总结来说，迟到几分钟是否应该扣全勤并没有一个绝对的答案，而是需要根据具体情况进行判断。用人单位在制定相关规章制度时，应确保其内容的合法性和合理性；而劳动者在遇到类似问题时，也应积极维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。