关于“迟到既要扣全勤又要扣工资是否合法”的问题，结论前置如下：
- 若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，迟到扣全勤和工资在合理范围内是合法的。但需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准，且扣除比例合理。
- 若公司规章制度不合法、未公示或扣薪标准不合理，则迟到扣全勤和工资可能构成违法行为。
详细分析如下：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
- 规章制度制定程序：公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。若规章制度未经法定程序制定或未向员工公示，则对劳动者不具有法律约束力，公司以此为由扣除全勤和工资可能构成违法。
- 劳动合同约定：如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行在合理范围内是合法的。但需注意，扣除的金额和比例必须合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
二、法律法规的遵循
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤和工资必须有合法依据，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。若规章制度中的扣除标准过高，损害劳动者基本权益，则可能因违法而无效。
三、扣薪标准的合理性
- 扣除金额：扣罚的金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。若扣除金额过高，导致员工工资低于最低工资标准，则公司行为构成违法。
- 扣除比例：根据相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除比例超出此限制，则公司行为可能构成违法。
四、实际操作与合理性
- 在实际操作中，公司应考虑迟到的具体情形。对于偶尔迟到且有合理原因（如突发交通意外、身体不适等）的员工，公司可以酌情考虑不扣除全勤和工资，体现人性化管理。
- 对于经常迟到且无正当理由的员工，公司扣除全勤和工资是合理的，这既是对遵守纪律员工的公平对待，也是维护正常工作秩序的必要措施。但需确保扣除的金额和比例合理，且符合法律法规的规定。
五、劳动者权益保护
- 若劳动者认为公司扣除全勤和工资的行为不合法或不合理，首先应与公司进行沟通协商，要求其纠正错误做法。
- 协商不成的情况下，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
迟到既要扣全勤又要扣工资是否合法，取决于公司规章制度的合法性、劳动合同的约定、扣薪标准的合理性以及实际操作中的具体情况。公司在制定和执行相关规章制度时，应确保遵循法律法规的规定，体现公平性和合理性。劳动者在面对不合理的扣除时，应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。