针对您迟到3次都不超过5分钟，却被扣了半天工资还扣了全勤金的情况，是否合法需分情况讨论：
关于扣半天工资的合法性
- 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：即规定迟到一定次数或时间内将扣除相应工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准、不违反工时制度等），那么公司扣除半天工资的行为可能是合法的。但需要注意的是，扣除的工资数额应当合理，不能过度惩罚。例如，如果迟到几分钟就扣除半天工资，这种惩罚性措施可能被视为不合理，从而引发争议。
- 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：或者规定违反了法律法规的强制性规定，那么公司扣除半天工资的行为就是违法的。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
关于扣全勤金的合法性
- 全勤金的性质：全勤金通常属于公司给予员工的一种奖励或福利，用于鼓励员工按时出勤。其发放条件和标准一般由公司规章制度或劳动合同中约定。
- 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：即规定迟到一定次数或时间内将取消全勤金，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除全勤金的行为是合法的。
- 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：或者规定违反了法律法规的强制性规定（如全勤金的发放与迟到次数无直接关联，却因迟到而扣除），那么公司扣除全勤金的行为就是违法的。
法律建议：
- 与公司沟通：首先，建议您与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，了解公司扣除工资和全勤金的具体依据和规定。如果公司的规定存在不合理或违法之处，您可以提出异议并要求公司进行修正。
- 收集证据：如果沟通无果，您可以开始收集相关证据，如劳动合同、公司规章制度、考勤记录、工资条等，以证明公司的行为是否违法。
- 向劳动监察机构投诉：如果公司的行为确实违法，您可以向当地的劳动监察机构投诉。劳动监察机构将会对投诉进行调查，并根据调查结果对用人单位进行相应的处理。
- 提起劳动仲裁或诉讼：如果劳动监察机构的处理结果仍不能解决问题，您可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司支付被扣除的工资和全勤金，并可能要求公司支付经济补偿或赔偿金。
可能后果：
- 如果公司的行为被认定为违法，那么公司可能需要支付您被扣除的工资和全勤金，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 如果您选择通过法律途径解决争议，那么您需要承担一定的诉讼成本和时间成本。但请放心，作为专业律师，我会为您提供全面的法律支持和帮助。
最后，我建议您在处理此类问题时保持冷静和理性，尽可能通过沟通协商解决问题。如果无法协商解决，再考虑采取法律途径维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。