关于上班迟到扣全勤是否合法的问题，结论如下：
若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，迟到扣全勤通常合法。公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。同时，劳动合同或相关文件中应明确规定迟到将扣除全勤奖或相应工资，且员工已签署同意。在这种情况下，公司按照约定执行是合法的。
若公司规章制度不合法或员工不知悉并同意，迟到扣全勤可能不合法。如果规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，或者劳动合同中未明确约定迟到扣全勤的条款，那么公司以迟到为由扣除全勤奖就可能缺乏依据。此外，即使规章制度中有相关规定，但如果该规定明显不合理，如将轻微迟到即视为严重违规并扣除全勤奖，这样的规定也可能会被认定为无效。
详细分析：
公司规章制度的合法性：公司规章制度是公司管理员工的重要依据，但其制定必须遵循法定程序。规章制度应经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力，公司才能依据其执行相关管理措施。
劳动合同的约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。但需要注意的是，劳动合同中的约定不得违反法律法规的强制性规定。
法律法规的遵循：根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤奖必须有合法依据，即规章制度或劳动合同中的明确约定。同时，规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。
规章制度的合理性与公平性：公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施，并确保这些规定得到员工的理解和接受。
给员工的建议：
了解公司规章制度：员工应仔细阅读并了解公司的规章制度，特别是与考勤管理相关的条款。如果对公司规章制度有疑问或不满，可以与公司进行沟通协商。
保留相关证据：如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，应保留相关证据，如考勤记录、工资条、公司规章制度等，以便在需要时维护自己的合法权益。
与公司协商或投诉：如果员工与公司就迟到扣全勤的问题产生争议，可以先尝试与公司进行协商解决。如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
给公司的建议：
完善规章制度：公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。同时，规章制度的内容应合理合法，不得违反国家法律法规的规定。
明确劳动合同条款：公司在与员工签订劳动合同时，应明确约定与考勤管理相关的条款，以确保双方权益的明确性。这有助于减少因考勤管理问题而产生的争议和纠纷。
人性化管理与公平对待：公司在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。对于偶尔迟到且有合理原因的员工，公司可以酌情考虑不扣除全勤奖，体现人性化管理。