结论前置：

1. 若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，迟到扣全勤奖一千元可能合法，但需确保全勤奖金额及扣除规则合理。
2. 若公司规章制度不合法、未告知员工或扣除规则不合理，迟到扣全勤奖一千元则不合法，员工有权提出异议并维护自身权益。

详细分析：

一、公司规章制度与劳动合同的合法性

• 规章制度制定程序：公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。若公司规章制度未经民主程序制定或未向员工公示，则该规章制度对员工不具有约束力，公司不能依据此规章制度扣除全勤奖。
• 劳动合同约定：如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。但需注意，劳动合同中的约定不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准等。

二、法律法规的遵循

• 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。全勤奖作为工资的一部分，其扣除必须有合法依据。若公司规章制度或劳动合同中未明确规定迟到扣全勤奖，或规定不合理，则公司扣除全勤奖可能构成违法行为。
• 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定。例如，若公司规定迟到一次即扣除全部全勤奖，且全勤奖金额占员工月工资的较大比例，这种规定可能因过于苛刻而不被法律支持。

三、规章制度的合理性与公平性

• 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。例如，若员工月工资为5000元，全勤奖为1000元，但迟到一次即扣除全部全勤奖，这种规定显然不合理。
• 公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施。例如，规定每月迟到不超过3次且每次不超过30分钟的不扣除全勤奖，超过则按比例扣除或全额扣除。

四、员工权益的保障

• 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，首先应与公司进行沟通协商，要求其说明扣奖依据。
• 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如劳动合同、公司规章制度、考勤记录等，以证明公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理。

实践建议：

• 公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。
• 劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，包括全勤奖的发放条件、扣除规则等，以确保双方权益的明确性。
• 公司在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。

示例说明：

假设某公司规定，员工每月迟到不超过2次且每次不超过15分钟的，不扣除全勤奖；迟到超过2次或每次超过15分钟的，按每次50元扣除全勤奖，但每月扣除总额不超过全勤奖的50%。若员工月工资为6000元，全勤奖为1000元，某月迟到3次且每次均超过15分钟，则公司应扣除该员工全勤奖500元（1000元*50%），而非全额扣除。若公司全额扣除，则员工有权提出异议并维护自身权益。

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