迟到扣奖金是否合法，需要根据具体情况来判断。

首先，我们要明确的是，用人单位享有用工管理权，劳动者在劳动关系存续期间应服从用人单位的依法管理。因此，如果用人单位在规章制度中明确规定了迟到将扣除奖金，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，也不存在明显不合理或显失公平的情况，那么用人单位按照规章制度扣除劳动者的奖金是合法的。

但是，如果用人单位没有明确规定迟到将扣除奖金，或者规定本身存在违法、不合理或显失公平的情况，那么用人单位就不能随意扣除劳动者的奖金。此时，劳动者可以向用人单位提出异议，要求用人单位说明扣款的理由和依据，并有权要求用人单位纠正错误行为。

此外，还需要注意的是，即使用人单位有权扣除奖金，也应当遵循公平、合理、合法的原则，不能滥用权利。比如，扣款金额应当与迟到行为的严重程度相匹配，不能过高或过低；扣款程序应当公开透明，不能暗箱操作；扣款决定应当告知劳动者，并允许劳动者提出异议和申诉。

综上所述，迟到扣奖金是否合法取决于用人单位的规章制度是否合法、合理以及是否得到了劳动者的认可。如果劳动者对扣款决定有异议，可以与用人单位进行协商或寻求法律援助。