迟到请假扣工资是否合法，主要取决于企业规章制度的制定程序、扣工资额度的合理性以及是否存在特殊情况等因素。以下是对这一问题的详细分析：
一、企业规章制度的合法性
制定程序：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四条及《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位有权依法建立和完善规章制度，但这些规章制度必须通过民主程序制定，即经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度制定后，应向员工公示或告知，如通过公司公告栏张贴、员工手册发放并要求签字确认等方式，确保员工知晓并同意相关规定。若规章制度未履行民主程序或未公示，则对劳动者不具有法律约束力，以此为依据的扣工资行为可能违法。
内容合法性：
- 规章制度中关于迟到扣工资的规定，应明确、具体，且不得违反国家法律、行政法规及政策规定。例如，扣罚金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
二、扣工资额度的合理性
法定限制：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 这意味着，即使员工迟到给用人单位造成了经济损失，扣工资的额度也受到严格限制，不能随意扣罚。
合理性判断：
- 扣罚金额应合理，不能过高。例如，迟到几分钟就扣除高额工资，这样的扣罚显然不合理，可能不被法律认可。
三、特殊情况的处理
不可抗力等合理原因：
- 若员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致迟到，用人单位应考虑实际情况，避免盲目扣工资。在这种情况下，扣工资可能被视为不合法。
无故迟到：
- 对于无故迟到的情况，用人单位在合理范围内扣工资是合法的。但“合理范围”需根据规章制度、扣罚标准以及实际情况综合判断。
四、劳动者权益保护
- 若劳动者认为用人单位的迟到扣工资行为不合法或存在争议，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其纠正错误做法。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
迟到请假扣工资的合法性需综合考虑企业规章制度的合法性、扣工资额度的合理性以及是否存在特殊情况等因素。用人单位应确保规章制度的完善性、合理性和合法性，并严格遵循相关法律法规的规定。同时，劳动者也应了解自身权益，对于不合理的扣罚行为，可依法维护自己的合法权益。在实际操作中，建议用人单位和劳动者加强沟通，共同营造和谐稳定的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。