结论前置：多次请假和迟到扣工资是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度是否合法、请假和迟到的性质及频率、扣工资的方式和比例等因素。
详细分析：
公司规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，公司有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，且经过民主程序制定并公示或告知员工。
- 如果公司的规章制度中明确规定了请假和迟到的扣工资条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么这些条款在合法范围内是有效的。
请假和迟到的性质及频率：
- 请假和迟到是否合法扣工资，还需考虑其性质和频率。例如，因病或紧急事务请假，通常不应被扣工资或应给予合理的宽容。
- 如果员工频繁请假或迟到，且无正当理由，公司有权根据规章制度进行相应的处理，包括扣工资。但处理方式必须合理，不能过度惩罚。
扣工资的方式和比例：
- 即使公司规章制度中有扣工资的条款，扣工资的方式和比例也必须合理。例如，不能一次性扣除员工全部工资，或扣除比例过高导致员工生活困难。
- 根据《工资支付暂行规定》，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
具体建议：
对于员工：
- 在请假或迟到前，尽量提前与公司沟通并说明原因，以减少不必要的扣工资。
- 如果认为公司的扣工资行为不合理或违法，可以与公司协商解决，或向劳动监察部门投诉。
对于公司：
- 制定合法、合理的规章制度，并确保经过民主程序制定并公示或告知员工。
- 在处理请假和迟到问题时，要公平、公正，避免过度惩罚员工。
- 如果需要扣工资，要确保扣工资的方式和比例合理，并符合相关法律法规的规定。
可能法律后果：
- 如果公司规章制度不合法或处理方式不合理，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司支付被扣的工资及可能的赔偿。
- 如果员工频繁请假或迟到且无正当理由，公司有权根据规章制度进行相应的处理，但处理方式必须合法、合理，否则可能面临法律纠纷。
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