结论：迟到四次扣两天工资是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下不合法，但若公司规章制度合法且员工知晓并同意，可能存在合法情形。以下从不同角度详细分析：

一、从法律规定角度分析

根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。同时，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

若公司规章制度中明确规定了迟到四次扣两天工资，且该制度已经过民主程序制定并公示或告知了劳动者，同时该制度不违反法律、行政法规及政策规定，那么从形式上看，该制度可能是合法的。然而，即便如此，我们还需要进一步分析该制度的具体内容是否合法合理。

二、从合理性角度分析

1. 扣款比例是否合理：

   • 迟到四次扣两天工资，相当于每次迟到扣除半天工资。这种扣款比例是否合理，需要结合劳动者的实际工资水平、迟到对工作造成的影响等因素进行综合判断。
   • 如果劳动者的工资水平较低，而扣款比例过高，可能导致劳动者的基本生活受到影响，那么这种扣款比例可能被视为不合理。

2. 是否超过法定限额：

   • 根据相关法律法规，用人单位因劳动者违反规章制度而扣减工资时，扣减后的工资不得低于当地的最低工资标准。
   • 如果迟到四次扣两天工资导致劳动者的工资低于最低工资标准，那么这种扣款行为显然是违法的。

三、从实际操作角度分析

1. 公司是否严格执行规章制度：

   • 即便公司规章制度中明确规定了迟到四次扣两天工资，但如果公司在实际操作中并未严格执行该制度，或者对不同员工采取不同的扣款标准，那么这种制度可能缺乏公平性和一致性，从而引发劳动纠纷。

2. 劳动者是否知晓并同意：

   • 如果劳动者在入职时并未被告知或同意该扣款制度，或者在入职后公司才制定并实施该制度而未告知劳动者，那么劳动者有权拒绝接受该扣款。

四、建议与措施

1. 对于劳动者：

   • 如果认为公司的扣款行为不合法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司改正或提供合理的解释。
   • 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

2. 对于公司：

   • 在制定规章制度时，应确保制度的合法性和合理性，避免侵犯劳动者的合法权益。
   • 在执行规章制度时，应确保公平性和一致性，避免对不同员工采取不同的标准。
   • 如果需要对劳动者进行扣款，应确保扣款比例合理且不超过法定限额，同时告知劳动者扣款的原因和依据。

举例说明：假设某劳动者的月工资为3000元，每天工资为100元（按30天计算）。如果迟到四次扣两天工资，即扣除200元。如果该劳动者的月工资扣除200元后仍高于当地的最低工资标准，且公司规章制度中明确规定了该扣款制度并已经过民主程序制定并公示或告知了劳动者，那么这种扣款行为可能是合法的。但如果扣除200元后劳动者的工资低于最低工资标准，或者公司规章制度中并未明确规定该扣款制度或未告知劳动者，那么这种扣款行为就是违法的。

总结：迟到四次扣两天工资是否合法，需结合公司规章制度、扣款比例、是否超过法定限额以及劳动者是否知晓并同意等因素进行综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。