关于“迟到三次扣一天工资是否合法”的问题，结论如下：
- 若公司规章制度合法且合理，并有效告知员工，且能证明扣罚与损失相符，则可能合法；
- 若公司规章制度不合法、不合理，或未有效告知员工，或扣罚幅度明显超出合理范围，则不合法。
详细分析如下：
一、公司规章制度的合法性与合理性
合法性要求：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若规章制度未经此民主程序制定，则对员工无约束力。
- 规章制度制定后，需以有效方式公示或告知劳动者，如公司公告栏张贴、组织员工学习并签字确认等。若未公示或告知，员工不知晓该规定，扣罚同样不合法。
合理性要求：
- 扣罚应作为对违反劳动纪律行为的惩戒手段，其数额应与劳动者迟到所造成的损失相适应。迟到三次扣一天工资，若被认定为明显不合理，则这种过度的惩罚行为不合法。
- 工资是劳动者提供劳动的对价，用人单位不得随意克扣。根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，除非有法律规定的特定情形。
二、扣罚的实际情况与损失证明
实际情况：
- 迟到虽属违反劳动纪律，但通常不会直接给用人单位带来相当于一天工资的损失。因此，若公司以此为由扣罚一天工资，可能缺乏合理性。
- 在实际执行中，还需考虑员工迟到的具体原因。如因特殊原因（如突发事件、交通拥堵等）导致的迟到，可能不宜直接按规章制度扣罚。
损失证明：
- 若公司主张因员工迟到三次造成了相当于一天工资的损失，并据此进行扣罚，则公司需承担举证责任，证明损失的实际发生及与迟到的因果关系。若无法证明，则扣罚行为可能不合法。
三、劳动合同中的相关约定
合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间权利义务的书面约定。若合同中明确规定了迟到扣工资的具体条款，且该条款不违反法律法规，则公司可依据合同条款进行扣罚。
- 但即便合同中有此约定，若扣罚幅度明显不合理或违反法律法规的强制性规定，该约定也可能被认定为无效。
合同约定的清晰度：
- 劳动合同中关于工资和扣款的约定应清晰明确。若合同未作出相关规定或约定不明确，公司不得擅自扣罚员工工资。
四、劳动者权益保护与应对措施
权益保护：
- 劳动者在遇到不合理扣罚时，应积极采取措施维护自己的合法权益。首先可尝试与公司协商解决，寻求合理的解决方案。
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对公司进行监督检查，并责令其改正违法行为。
- 若投诉举报未能解决问题，劳动者可依法向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径维护自身合法权益。劳动仲裁机构将依法审理案件，并作出公正裁决。
应对措施的具体建议：
- 在与公司协商时，劳动者可要求公司提供扣罚的依据和证明损失的材料，以便评估扣罚的合理性和合法性。
- 在向劳动监察部门投诉举报时，劳动者应提供详细的证据材料，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以便劳动监察部门进行调查处理。
- 在申请劳动仲裁时，劳动者应准备充分的证据材料，并按照仲裁机构的要求提交仲裁申请书和相关证据。仲裁机构将依法审理案件，并作出裁决。
总结：迟到三次扣一天工资的合法性需综合考虑公司规章制度的合法性与合理性、扣罚的实际情况与损失证明以及劳动合同中的相关约定。劳动者在遇到此类问题时，应充分了解自身权益并采取相应措施进行维权。若你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。