迟到扣三倍工资是否合法，需结合具体情况综合判断，但通常情况下，这种扣罚方式可能不合法。以下从多个角度为你详细分析：
一、规章制度的角度
规章制度的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若用人单位无相关规章制度规定迟到扣三倍工资，则扣罚行为缺乏法律依据，视为不合法。
- 规章制度的制定需经过法定程序，即经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。未履行此民主程序的规章制度，对员工无约束力，扣罚行为同样不合法。
规章制度的公示与告知：
- 规章制度制定后，需以有效方式公示或告知劳动者，如公司公告栏张贴、组织员工学习并签字确认等。若规章制度未有效公示或告知，导致劳动者不知晓该规定，扣罚也不合法。
二、扣罚合理性的角度
扣罚幅度：
- 工资是劳动者提供劳动的对价，用人单位不得随意克扣。迟到虽属违反劳动纪律，但扣罚应合理。通常情况下，迟到一次并不足以导致扣除三倍工资这样严重的后果。若扣罚幅度明显不合理，可能被视为变相克扣劳动者工资，违反《工资支付暂行规定》第十五条中关于用人单位不得克扣劳动者工资的规定（除法定代扣情形外）。
整体处罚的合理性：
- 即便规章制度合法且制定程序合规，扣罚行为也需在整体上具有合理性和公平性。迟到扣三倍工资可能被视为过度惩罚，不符合公平原则。
三、劳动合同的角度
合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间权利义务的书面约定。若合同中明确规定了迟到扣三倍工资的具体条款，且该条款不违反法律法规，则用人单位可依据合同条款进行扣罚。但这种情况较为少见，且合同条款也需接受合法性与合理性的审查。
合同约定的清晰度：
- 劳动合同中关于工资和扣款的约定应清晰明确。若合同未作出相关规定或约定不明确，用人单位不得擅自扣罚员工工资，更不得扣罚三倍工资。
四、劳动者权益保护的角度
若劳动者认为用人单位的扣罚行为不合法或不合理，可采取以下措施维护自身权益：
协商解决：
- 首先尝试与用人单位进行沟通协商，寻求合理的解决方案。可以提出自己的异议和理由，要求用人单位重新考虑扣罚决定。
投诉举报：
- 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并保护劳动者的合法权益。
劳动仲裁或诉讼：
- 若投诉举报未能解决问题，劳动者可依法向劳动仲裁机构申请仲裁，或向法院提起诉讼。通过法律途径维护自身合法权益，要求用人单位撤销不合理的扣罚决定，并赔偿因此造成的损失。
总结与建议：迟到扣三倍工资通常不合法，除非用人单位有合法、合理且经过民主程序制定的规章制度，并在劳动合同中明确约定，且能证明扣罚与损失相符。劳动者在遇到此类问题时，应充分了解自身权益，并积极采取措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。