结论：迟到扣一天三分之一的工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若符合法定条件且程序合法，可能被视为合法。以下从不同角度详细分析：

一、从法律规定角度分析

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣。迟到属于违反劳动纪律的行为，但用人单位不能因此直接扣除劳动者一天的工资，更不能扣除一天工资的三分之一。这种做法可能违反了工资支付的相关规定，侵犯了劳动者的合法权益。

具体来说，如果用人单位想要对迟到行为进行处罚，应当遵循以下原则：

1. 合法性原则：处罚措施必须符合法律法规的规定，不能违反法律的强制性规定。
2. 合理性原则：处罚措施应当与迟到行为的性质、情节以及造成的后果相适应，不能过度处罚。
3. 程序正当原则：用人单位在实施处罚前，应当告知劳动者处罚的事实、理由和依据，并听取劳动者的陈述和申辩。

二、从实际操作角度分析

在实际操作中，如果用人单位想要对迟到行为进行处罚，通常可以采取以下方式：

1. 设定迟到罚款：用人单位可以在规章制度中设定迟到罚款，但罚款的数额应当合理，且不能超过劳动者当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%）。但需注意，直接以迟到为由扣除一天三分之一的工资，很可能超出这一比例限制。
2. 扣除相应工时工资：如果劳动者迟到，用人单位可以按照其实际迟到的工时，扣除相应的工资。例如，如果劳动者迟到1小时，用人单位可以扣除其1小时的工资，而不是扣除一天工资的三分之一。

三、从劳动者维权角度分析

如果劳动者认为用人单位的处罚措施不合法或不合理，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：劳动者可以与用人单位进行沟通，说明自己的情况和观点，争取达成和解。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的需求，劳动者还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

建议：作为劳动者，在面对用人单位的不合理处罚时，应当保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。同时，也建议用人单位在制定规章制度时，应当遵循合法、合理、程序正当的原则，避免侵犯劳动者的合法权益。如果你遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。