迟到扣除一整天工资通常是不合法的。下面我从法律角度为您详细解析：

1. 合法性分析：

   • 根据《行政处罚法》规定，普通用人单位不具有罚款权。因此，因迟到而扣员工半天或一天工资，不符合法律规定。
   • 用人单位制定的规章制度应符合合法性、合理性和民主程序等要求。迟到一小时就扣一天工资，明显惩罚过重，超出了合理范畴，可能被认定为显失公平。

2. 合理性分析：

   • 劳动者提供了正常劳动，用人单位应按照约定支付工资。迟到一小时并不等同于劳动者一天都未提供劳动，以迟到一小时为由扣除一整天工资，与劳动者实际付出的劳动量严重不匹配。

3. 法律建议：

   • 如果用人单位在规章制度中明确规定了迟到的扣罚标准，且该规章制度经过民主程序制定并已向劳动者公示，劳动者也知晓并同意遵守，该规章制度在一定程度上具有约束力。但即使如此，若扣罚标准明显不合理，劳动者仍可通过与用人单位协商、申请劳动仲裁等方式维护自身合法权益。
   • 在扣工资的具体操作上，也有相应限制：一是扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%；二是扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

综上所述，迟到扣除一整天工资通常是不合法的，也不合理。如果您遇到了类似的情况，可以与用人单位沟通协商，或者向当地劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。