迟到一分钟扣工资是否合法，取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
制度制定与公示：
- 公司或用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度（包括迟到扣工资的规定）时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是制度合法性的重要前提。
- 制定的制度还需要向劳动者进行公示或告知，确保劳动者充分知晓并理解制度内容。
扣工资数额的合理性：
- 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可要求劳动者赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 对于迟到这种通常不会给公司造成实际经济损失的行为，如果扣工资数额过高（如迟到1分钟扣几十元甚至上百元），则可能被视为不合理。
合法与不合法的具体情况：
- 合法情况：公司通过了合法的民主程序制定了迟到扣工资的制度，且该制度已向劳动者公示。同时，扣工资数额合理，基于公司管理成本等合理因素考量，并且扣工资后劳动者实际到手工资不低于当地最低工资标准。
- 不合法情况：公司未经民主程序制定迟到扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示；扣工资数额不合理，超出法定限额；或者制度本身存在其他违法情形。
结论：因此，迟到一分钟扣工资是否合法，并非一概而论。如果公司或用人单位的制度制定程序合法、内容合理且已向劳动者公示，并且扣工资数额在法定限额内，那么该制度可能被认定为合法。反之，如果制度制定程序不合法、内容不合理或未向劳动者公示，或者扣工资数额超出法定限额，那么该制度可能被认定为不合法。
员工权益保护：
- 如果员工认为公司扣工资行为不合法，可以向劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。
- 员工也可以寻求律师的帮助，通过法律途径维权，如提起劳动仲裁或诉讼等。
总之，公司在制定迟到扣工资的制度时，应确保程序的合法性、内容的合理性以及充分的公示与告知，以避免引发不必要的法律纠纷。同时，员工也应了解自己的权益，对于不合法的扣工资行为要勇于维权。