结论：迟到两小时扣一天工资是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但若符合特定条件也可能被认定为合法。以下为详细分析：
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 迟到两小时并未直接给用人单位造成经济损失（除非能证明因迟到导致的具体损失，如错过重要会议导致的业务损失等，但这种情况较为罕见且难以量化），因此，直接扣一天工资通常缺乏合法依据。
合理性分析：
- 迟到两小时属于轻微违纪行为，直接扣一天工资显然过于严厉，不符合比例原则。用人单位应通过合理的规章制度来管理员工，而非采取过激的处罚措施。
二、特定条件下可能合法
劳动合同或规章制度中有明确约定：
- 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了迟到两小时扣一天工资的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定（如不违反最低工资标准等），同时该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知劳动者，那么在这种情况下，扣一天工资可能被认定为合法。
- 但需注意：即使劳动合同或规章制度中有此约定，如果扣除后的工资低于当地月最低工资标准，用人单位仍需按最低工资标准支付工资。
劳动者同意并接受处罚：
- 在极少数情况下，如果劳动者自愿同意并接受因迟到两小时而扣一天工资的处罚，且该同意不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么这种处罚也可能被认定为合法。但这种情况较为罕见，且需要劳动者明确表示同意。
三、建议与风险提示
对用人单位的建议：
- 制定合理的规章制度，明确迟到等违纪行为的处罚措施，并确保这些措施不违反法律法规的强制性规定。
- 在处罚员工时，应遵循比例原则，确保处罚措施与违纪行为的严重程度相适应。
- 加强与员工的沟通，通过培训、教育等方式提高员工的纪律意识，减少迟到等违纪行为的发生。
对劳动者的风险提示：
- 如果用人单位因迟到两小时而扣一天工资，劳动者可以首先与用人单位协商解决。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在签订劳动合同时，劳动者应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、福利和违纪处罚等方面的条款，确保自己的权益不受侵害。
总结：迟到两小时扣一天工资在一般情况下是不合法的，但若劳动合同或规章制度中有明确约定且符合法律法规的强制性规定，或者劳动者自愿同意并接受处罚，则可能被认定为合法。无论如何，用人单位在处罚员工时应遵循合理、合法的原则，劳动者也应了解自己的权益并积极维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。