结论：迟到1小时扣两天假期是否合法，需结合具体情况判断，但通常情况下，这种做法缺乏明确的法律依据，可能不合法。
分析：
从劳动合同和规章制度的角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同以及用人单位制定的规章制度，是规范双方权利义务的重要依据。
- 如果劳动合同或规章制度中明确规定了迟到扣假的具体条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照约定执行是合法的。但关键在于，这种扣假是否合理，以及是否经过了劳动者的同意或公示程序。
- 在大多数情况下，迟到1小时扣两天假期的规定显得过于严苛，可能缺乏合理性，且如果未经劳动者同意或未进行公示，该条款可能无效。
从劳动法的原则和精神角度：
- 劳动法旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动关系的和谐稳定。用人单位在制定规章制度时，应遵循公平、合理、合法的原则。
- 迟到1小时扣两天假期，这种处罚方式可能超出了合理范围，对劳动者造成了过重的负担，违背了劳动法的原则和精神。
从实际操作和司法实践的角度：
- 在实际操作中，如果用人单位因劳动者迟到而扣除其假期，且劳动者对此提出异议，双方可能因此产生纠纷。
- 在司法实践中，法院或劳动仲裁机构在审理此类案件时，会综合考虑劳动合同的约定、规章制度的合法性、合理性以及劳动者的实际损失等因素，来判定用人单位的处罚是否合法。
建议：
- 对于劳动者：如果遇到用人单位因迟到而扣除过多假期的情况，首先应查看劳动合同和规章制度中是否有相关规定，并评估这些规定的合法性和合理性。如果认为用人单位的做法不合法或不合理，可以与用人单位协商解决，或向劳动监察部门投诉，甚至通过法律途径维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：在制定规章制度时，应遵循公平、合理、合法的原则，确保规章制度的内容不违反法律法规的强制性规定。同时，在执行规章制度时，也应保持适度原则，避免对劳动者造成过重的负担。
可能后果：
- 如果用人单位因迟到扣除劳动者过多假期，且该做法被认定为不合法或不合理，用人单位可能需要承担相应的法律责任，如补发工资、恢复假期等。同时，这种做法也可能影响用人单位的声誉和劳动关系和谐稳定。
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