迟到扣员工假期是否合法，主要取决于用人单位的规章制度是否合法制定、是否公示告知劳动者、扣罚是否合理以及是否侵犯劳动者的基本权益。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情形
规章制度未履行民主程序：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若规章制度未经此程序制定，迟到扣假期的规定即不合法。
规章制度未公示告知：
- 用人单位需将直接涉及劳动者切身利益的规章制度公示或告知劳动者。若未进行公示或告知，劳动者可能并不知晓该规定，因此不能作为处理依据。例如，公司未在公告栏张贴或未通过邮件、内部系统等方式通知员工，那么该规定对员工不产生约束力。
扣假期时间显失公平：
- 若迟到几分钟即被扣除较长时间的假期，如迟到5分钟扣1小时假期，这种规定明显加重了劳动者的责任，违反了公平原则，应认定为不合法。合理的扣罚应当与迟到的时长、频率等因素相匹配。
侵犯劳动者休息权：
- 根据我国《宪法》和《劳动法》，劳动者享有休息休假的权利。若因迟到而过度扣减假期，导致劳动者无法保证基本休息，即侵犯了劳动者的休息权，属于不合法行为。例如，员工本已安排好休假计划，却因迟到被全部取消，这显然是不合理的。
工资或福利因此低于法定标准：
- 无论何种情况下，劳动者的工资和福利都不能低于当地的最低工资标准或法定福利标准。如果因迟到扣假期而导致工资或福利降低至此标准以下，同样构成违法。
二、合法的情形
合法依规制定并告知：
- 若用人单位的规章制度经过民主程序制定，且已向劳动者公示或告知，同时规定的迟到扣假期内容合理，未违反法律法规的强制性规定和公平原则，则该规定可被视为合法。例如，公司明确规定迟到30分钟以上扣半天假期，且该规定已通过职工代表大会讨论并公示，那么该规定是合法的。
劳动者事先同意：
- 如果劳动者在入职时或在工作过程中，自愿与用人单位达成协议，同意迟到时用假期来抵偿，并且该协议不存在欺诈、胁迫等情形，那么迟到扣假期也可能是合法的。但这种情况需要明确的书面协议等证据来证明劳动者的自愿性。
三、实际应用中的建议
对于用人单位：
- 应确保规章制度的合法性和合理性，遵循民主程序制定，并及时公示告知劳动者。
- 扣罚假期时应当合理、适度，避免过度扣罚导致劳动者权益受损。
对于劳动者：
- 应了解自身权益，关注用人单位的规章制度，确保自己的权益不受侵害。
- 若因迟到被扣假期且认为不合理，可以与用人单位协商解决；协商无果的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结来说，迟到扣员工假期是否合法需综合考虑多个因素。在实际应用中，用人单位应确保规章制度的合法性和合理性，并遵循相关程序制定和公示；劳动者则应了解自身权益，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。