迟到扣工时是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且明确规定了迟到扣工时的情形：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 如果公司的规章制度经过了上述民主程序制定，并且已经向劳动者公示或告知，同时规章制度中明确规定了迟到扣工时的具体情形和扣减标准，且该规定不违反法律、行政法规及政策规定，不显失公平，那么公司按照规章制度对迟到员工扣工时，是合法的。
若公司规章制度未规定或规定不合法：
- 如果公司规章制度中未规定迟到扣工时的情形，或者规定的内容违反了法律、行政法规及政策规定，或者显失公平，那么公司以此为由扣工时，则可能构成违法。例如，如果规章制度中规定的扣减标准过高，导致劳动者实际获得的工资低于当地最低工资标准，那么该规定就是违法的。
- 此外，即使规章制度中有规定，但如果公司未按照规定的程序制定或公示，劳动者也有权拒绝接受该规定的约束。
特殊情况下的考虑：
- 在某些特殊情况下，如劳动者因不可抗力（如自然灾害、交通事故等）导致迟到，且能够提供相应证据的，公司不应扣减其工时。
- 如果劳动者迟到是因为公司的原因（如公司安排的任务过重导致无法按时完成、公司提供的交通工具故障等），那么公司也不应扣减其工时。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果公司存在违法扣工时的行为，可以首先与公司进行协商，要求公司纠正违法行为并补发被扣减的工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应当依法制定和完善劳动规章制度，确保规章制度的内容合法、合理且经过民主程序制定并公示或告知劳动者。同时，在执行规章制度时，应当遵循公平、公正的原则，避免滥用权力损害劳动者的合法权益。
可能后果：
- 如果公司违法扣工时，劳动者有权要求公司补发被扣减的工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
- 如果公司因此引发劳动争议或诉讼，还可能面临法律制裁和声誉损失等不利后果。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。