员工迟到扣绩效是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度合法且明确规定了迟到扣绩效的情况：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
   • 如果公司的规章制度经过了上述法定程序制定，并且明确规定了迟到会扣绩效，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司因员工迟到而扣绩效是合法的。但需要注意的是，扣除的绩效部分应当合理，不能过分高于员工因迟到给公司造成的实际损失。

2. 若公司规章制度未明确规定或规定不合法：

   • 如果公司的规章制度没有明确规定迟到会扣绩效，或者该规定未经法定程序制定、未公示或告知劳动者，那么该规定对劳动者不具有约束力。此时，公司因员工迟到而扣绩效就缺乏合法依据，可能构成违法克扣工资。
   • 另外，即使规章制度中有相关规定，但如果该规定违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么该规定也是无效的，公司不能依据该规定扣绩效。

法律建议：

• 对于员工而言，如果认为公司因迟到扣绩效的行为不合法，可以先与公司进行协商，要求公司说明扣绩效的依据和合理性。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，应当确保规章制度的合法性和合理性，明确规定迟到等违纪行为的处理方式和标准，并经过法定程序制定、公示或告知劳动者。同时，在处理违纪行为时，应当遵循公平、公正、合理的原则，避免过度处罚或违法克扣工资。

可能后果：

• 如果公司违法克扣员工绩效工资，除了需要补发工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚和劳动者的索赔。
• 对于员工而言，如果因迟到等违纪行为被公司合法扣绩效，应当接受并改正自己的行为，避免再次发生类似情况。如果认为公司的处理方式不合理或违法，应当及时采取措施维护自己的权益。