事业单位因员工迟到扣绩效是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于单位规章制度、扣罚行为的合理性以及是否符合法律法规要求。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
有合法有效的规章制度支撑
- 事业单位需制定明确的规章制度，其中应详细规定迟到行为及相应的扣绩效标准。
- 规章制度的制定和通过必须遵循法定程序，如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向全体职工公示或告知。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，合法制定的规章制度可作为确定双方权利义务的依据。若规章制度中明确规定了迟到扣绩效，且该制度合法有效，那么扣绩效行为在制度层面是合法的。
扣绩效额度合理
- 扣除的绩效数额应与迟到造成的影响相匹配，不能过高。例如，员工因迟到几分钟而扣除大量绩效，显然不合理。
- 扣除后的绩效与基本工资之和不得低于当地月最低工资标准，这是保障员工基本生活权益的底线。
员工已知晓并同意该制度
- 员工在入职时或规章制度制定后，应被明确告知相关扣绩效的规定。
- 员工对规章制度的理解和同意是扣绩效行为合法性的重要前提。若员工未被告知或不同意该制度，则扣绩效行为可能不合法。
不合法情况
无规章制度或制度不合法
- 若事业单位没有关于迟到扣绩效的相关规章制度，或制度未经合法程序制定，未向员工公示，则扣绩效行为不合法。
- 领导随意口头决定扣绩效，无任何书面制度依据，也属违法行为。
扣绩效额度过高
- 若扣除的绩效数额严重超出合理范围，损害了员工的基本权益，则扣绩效行为同样不合法。
- 例如，因一次迟到扣除当月全部绩效，显然不合理且不合法。
违反法律强制性规定
- 如扣除绩效后，员工的总收入低于当地最低工资标准，则扣绩效行为违反法律规定。
员工权益保护建议
若事业单位职工认为单位扣绩效的行为不合法，可采取以下措施维护自己的合法权益：
- 沟通协商：首先与单位进行沟通协商，要求单位说明扣绩效的依据和理由。
- 向上级反映：若协商不成，可向事业单位的上级主管部门反映情况，寻求帮助。
- 法律途径：若上述方式均无法解决问题，可通过申请劳动人事争议仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
举例说明：假设某事业单位规定，员工迟到一次扣除当月绩效的10%，且该制度经过职工代表大会讨论通过并向全体员工公示。若某员工迟到一次，单位扣除其当月绩效的10%，且扣除后的总收入不低于当地最低工资标准，则该扣绩效行为合法。反之，若单位随意扣除员工大量绩效，且未经过合法程序制定制度或未向员工公示，则该扣绩效行为不合法。
综上所述，事业单位因员工迟到扣绩效的行为是否合法，需根据具体情况而定。员工在面对此类问题时，应了解自己的权益，并采取适当措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。