关于因加班迟到扣绩效工资是否合法的问题，这并非一概而论，而是需要依据具体情况来判断。以下是我从多个角度为你进行的分析：
规章制度明确且合法：
- 如果用人单位的规章制度中明确规定了迟到与绩效工资的扣减关系，并且这一规定是通过民主程序制定的（如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），同时已经向劳动者公示或告知，那么这种扣减是合法的。
- 示例：公司规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，3次以上每次扣10分，且该规定已按上述程序制定并公示，员工迟到后按照此规定扣减绩效工资，则是合法的。
劳动合同中有明确约定：
- 如果劳动合同中明确写明了迟到与绩效工资的关系，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位也有权根据劳动合同的约定扣减绩效工资。
- 示例：劳动合同中写明“若劳动者每月迟到累计达到X次，用人单位有权按照一定比例扣减绩效工资”，且该约定合法有效，那么员工迟到后按照此约定扣减绩效工资，也是合法的。
扣除幅度合理：
- 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，扣减绩效工资的幅度也必须合理，不得损害劳动者的基本权益。一般来说，扣除的部分通常不得超过劳动者当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地劳动法规）。
- 示例：如果员工当月工资为5000元，那么即使因为迟到需要扣减绩效工资，扣减的金额也不应超过1000元（即5000元的20%）。
不合法扣除的情况则包括：
规章制度不合法或未公示：
- 如果用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，那么该规章制度对劳动者不具有约束力，用人单位不得依据此规章制度扣减绩效工资。
无相关约定或规定：
- 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣绩效工资，那么用人单位不得随意扣除。
扣除幅度不合理：
- 如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月一半绩效工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。
员工权益保护建议：
- 如果你认为用人单位扣绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和合理性。
- 协商不成时，你可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综合总结：
因加班迟到扣绩效工资是否合法，需综合考虑用人单位的规章制度、劳动合同的约定以及扣减的合理性。用人单位在制定相关规章制度时，必须确保内容合法、程序正当，并充分尊重员工的合法权益。同时，作为员工，你也应了解自己的权益和义务，在必要时依法维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。