结论前置：多次迟到不仅扣工资还扣绩效是否合法，需根据用人单位的规章制度、劳动合同的约定以及扣减的合理性来综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 规章制度明确规定且合法：

   • 如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定了迟到行为与绩效工资挂钩，并详细规定了扣减办法，且该规章制度已通过民主程序制定（如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），并已向劳动者公示或告知，那么这种扣减是合法的。
   • 示例：公司规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，3次以上每次扣10分，且该规定已按上述程序制定并公示，则此规定有效，公司可以依据此规定扣减绩效工资。

2. 劳动合同有相关约定且合法：

   • 如果劳动合同中明确包含了关于迟到与绩效工资关系的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位也有权依据劳动合同的约定扣减绩效工资。
   • 示例：劳动合同中写明“若劳动者每月迟到累计达到X次，用人单位有权按照一定比例扣减绩效工资”，且该约定合法有效，则公司可以依据此约定扣减绩效工资。

3. 扣除幅度合理：

   • 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，扣减绩效工资的幅度也必须合理，不得损害劳动者的基本权益。一般来说，扣除的部分通常不得超过劳动者当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地劳动法规）。
   • 示例：如果员工当月工资为5000元，那么公司扣减的绩效工资通常不应超过1000元。如果扣减幅度超过此比例，可能被视为不合法。

4. 不合法扣除的情况：

   • 如果用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，则该规章制度对劳动者不具有约束力，公司不能依据此规章制度扣减绩效工资。
   • 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣绩效工资，则用人单位不得随意扣除。
   • 如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月一半绩效工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。

员工权益保护建议：

• 如果您认为用人单位扣绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和合理性。
• 协商不成时，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综合总结：多次迟到不仅扣工资还扣绩效是否合法，并非一概而论。它取决于用人单位的规章制度是否合法、合理，以及劳动合同中是否有明确约定。作为劳动者，您应了解自己的权益和义务，在必要时依法维护自己的合法权益。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。