迟到扣除绩效工资是否合法，需根据具体情况来判断。

首先，根据《行政处罚法》的规定，普通用人单位不具有罚款权。因此，因迟到而直接扣员工绩效工资（特别是较大额度的扣除）可能不符合法律规定。然而，企业可以根据员工迟到的时间长短，扣除相应时间未提供劳动部分的时薪工资，这通常被视为合理的做法。

其次，如果企业的绩效工资制度中明确规定了迟到等违纪行为会影响绩效工资的发放，并且这一制度已经过民主程序制定，且向员工进行了公示或告知，那么在这种情况下，企业根据制度扣除迟到员工的绩效工资可能具有一定的合法性基础。但即便如此，扣除的数额和方式也应当合理，不能损害员工的合法权益。

综上所述，迟到扣除绩效工资是否合法，关键在于企业的做法是否符合法律法规的规定以及是否遵循了合理的原则。如果企业有任何疑问或需要进一步的法律指导，建议咨询专业律师以确保合规性。对于员工来说，如果认为自己的绩效工资被不合理扣除，也可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。