考勤迟到三次扣除绩效是否违法，取决于用人单位的规章制度以及劳动合同中的相关约定。

1. 用人单位规章制度与劳动合同约定：

   • 如果用人单位的规章制度或劳动合同中明确规定了考勤迟到三次将扣除绩效，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照此规定执行是不违法的。
   • 规章制度或劳动合同中的相关约定应当合理、合法，且经过公示或告知劳动者，确保劳动者对相关规定有充分的了解。

2. 法律法规的约束：

   • 用人单位在制定规章制度时，必须遵守国家法律法规，不得侵犯劳动者的合法权益。
   • 如果用人单位的规章制度或劳动合同中的约定违反了法律法规的强制性规定，如扣除绩效的方式、数额等违反了劳动法关于工资支付的规定，那么该约定是无效的，用人单位不能据此执行。

3. 实际情况的考量：

   • 在具体实践中，用人单位是否因考勤迟到三次而扣除绩效，还需要考虑迟到的原因、情节以及用人单位的管理需要等因素。
   • 如果迟到是因为不可抗力或用人单位自身的原因导致的，那么用人单位在扣除绩效时应当更加谨慎和合理。

综上所述，考勤迟到三次扣除绩效是否违法，关键在于用人单位的规章制度和劳动合同中的相关约定是否合法、合理，并且是否得到了劳动者的充分了解和认可。如果用人单位的规章制度或劳动合同中的约定存在违法或不合理的情况，劳动者有权向相关部门投诉或寻求法律援助。如果你在这方面有具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。