因上班迟到扣工资是否合法，需分情况讨论：
若公司规章制度合法且明确规定了迟到扣工资的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，同时员工在入职时已知悉并同意该规章制度，那么公司因员工迟到扣工资是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 实际操作：公司需确保规章制度的制定程序合法，内容不违反法律法规，且已向员工公示或告知。员工在入职时，应仔细阅读并理解公司规章制度，如有疑问应及时提出。
若公司规章制度未明确规定迟到扣工资，或者规定的内容违反法律法规的强制性规定，或者员工不知悉该规章制度，那么公司因员工迟到扣工资可能是不合法的。
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司规章制度需合法且公示或告知员工。若规章制度不合法或未公示/告知，则对员工不产生约束力。
- 实际操作：员工在遭遇公司无故扣工资时，应首先查看公司规章制度，确认是否有相关规定。若规章制度未规定或规定不合法，员工有权向公司提出异议，并要求公司补发被扣的工资。
即使公司规章制度合法且员工知悉，但扣工资的幅度或方式不合理，也可能被视为不合法。
- 法律依据：虽然法律法规未明确规定迟到扣工资的具体幅度或方式，但根据公平、合理原则，公司扣工资的幅度或方式应与员工迟到的严重程度相匹配，且不得违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等）。
- 实际操作：员工在遭遇公司不合理扣工资时，可以与公司协商，要求公司调整扣工资的幅度或方式。若协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
建议：
- 对于公司而言，应制定合法、合理的规章制度，并确保已向员工公示或告知。在扣员工工资时，应确保扣工资的幅度或方式合理，且符合法律法规的规定。
- 对于员工而言，应仔细阅读并理解公司规章制度，如有疑问应及时提出。在遭遇公司无故或不合理扣工资时，应勇敢维护自己的合法权益，可以向公司提出异议、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。