关于“迟到扣补贴是否合法”的问题，这主要取决于公司规章制度的具体内容以及其制定和执行过程是否符合相关法律法规。

首先，我们需要明确的是，公司不能随意扣除员工的工资或补贴。根据《工资支付暂行规定》第五条，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“工资”通常包括基本工资和各类补贴，除非有明确的法律法规或劳动合同中的约定作为依据。

接下来，我们分析公司规章制度的情况：

1. 规章制度的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 规章制度制定后，用人单位还应当将其公示或告知劳动者，确保劳动者知晓并理解。

2. 迟到与补贴的关系：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了迟到将扣除特定补贴，并且这一规定经过了上述的民主程序和公示告知，那么从法律角度讲，公司是有权根据这一规定扣除相应补贴的。
   • 但是，如果规章制度中没有明确规定，或者规定本身没有经过民主程序和公示告知，那么公司就不能单方面扣除员工的补贴。

3. 特殊情况的处理：

   • 如因极端天气（如暴雨、大雪等）导致迟到，且这种迟到并非劳动者自身原因造成，那么根据相关规定和公平原则，公司通常不应扣除员工的补贴或工资。
   • 在这种情况下，劳动者应及时与用人单位沟通，说明情况，并尝试协商解决方案。

建议：

• 劳动者应仔细阅读并理解公司的规章制度，特别是关于迟到和补贴扣除的部分。
• 如果对规章制度有疑问或不满，可以通过合法途径（如职工代表大会、工会等）提出意见和建议。
• 如果公司确实存在违法扣除补贴的行为，劳动者可以收集相关证据（如规章制度、考勤记录、工资条等），通过书面形式要求公司纠正，并考虑申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

综上所述，迟到扣补贴是否合法取决于公司规章制度的具体内容和其制定执行过程是否符合法律法规。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取合法手段进行维护。