迟到缺卡扣工资是否合法，关键在于用人单位的规章制度、扣薪标准的合理性以及是否存在特殊情况。以下是对这一问题的详细分析：

合法条件

1. 规章制度合法有效：

   • 用人单位必须依法制定规章制度，明确将迟到或缺卡列为违纪行为，并规定合理的扣薪标准。这些规章制度需通过民主程序制定，即经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度制定后，应向员工公示或告知，如通过公司公告栏张贴、员工手册发放并要求签字确认等方式，确保员工知晓并同意相关规定。若规章制度未经法定程序制定或未向员工公示，则对劳动者不具有法律约束力，扣工资行为可能违法。

2. 扣薪标准合理：

   • 扣罚的金额不能过高，应确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 例如，若员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，则每月最多可扣除1000元（5000元的20%），扣除后剩余工资不得低于2000元。

3. 无合理免责事由：

   • 员工无故迟到或缺卡，且不存在不可抗力等合理免责事由时，用人单位方可在合理范围内扣工资。若员工因不可抗力（如自然灾害、交通堵塞等）或其他合理原因导致迟到或缺卡，用人单位应给予理解并不予扣罚。

不合法情况

1. 规章制度不合法或未公示：

   • 若用人单位的规章制度未依法制定、未通过民主程序或未向劳动者公示，则依据该规章制度进行的扣工资行为将被视为违法。

2. 扣薪标准不合理：

   • 如扣罚金额过高，导致员工剩余工资低于当地最低工资标准，或扣除比例超过法定限制，将构成违法行为。例如，若员工月工资为3000元，当地最低工资标准为2000元，但用人单位每月扣除1500元，则扣除后的工资低于最低工资标准，属于违法行为。

3. 不合理扣罚：

   • 用人单位在制定规章制度时，应考虑扣罚措施的合理性。对于明显不合理的扣罚，如将不可抗力导致的迟到或缺卡也纳入扣罚范围，将可能被视为违法。

劳动者权益保护

• 若劳动者认为用人单位迟到缺卡扣工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其纠正错误做法。
• 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以证明用人单位的扣工资行为不合法。

总结与建议：迟到缺卡扣工资的合法性需综合考虑多方面因素。用人单位应确保规章制度的完善性、合理性和合法性，并严格遵循相关法律法规的规定。同时，劳动者也应了解自身权益，对于不合理的扣罚行为，可依法维护自己的合法权益。在实际操作中，建议用人单位和劳动者加强沟通，共同营造和谐稳定的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。