迟到早退扣工资在一定条件下是合法的，但必须符合规章制度明确、程序合法、扣罚合理等条件。以下是对此问题的详细分析：

合法的条件

1. 规章制度明确且合理：

   • 用人单位应依法制定内部规章制度，并明确规定迟到早退的扣薪标准。这一规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体员工讨论通过，并已向员工公示告知。
   • 扣薪标准应公平合理，考虑企业实际情况、行业惯例及迟到早退对工作的影响程度，不能明显侵害劳动者权益。

2. 劳动合同有约定：

   • 劳动合同中应明确约定迟到早退属于违反合同约定的行为，并规定相应的扣薪条款。该条款同样需公平合理，且与规章制度相一致，不能违反法律法规的强制性规定。

3. 扣罚合理：

   • 扣工资的额度应当合理，与员工的过错相适应。扣除的金额一般不应超出劳动者当月应得薪酬的一定比例（如20%），且扣除后的剩余工资不能低于当地最低工资标准。

不合法的情形

1. 无规章制度或程序不合法：

   • 若用人单位没有相关规章制度，或规章制度的制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示告知），则直接扣工资的行为不合法。

2. 扣罚标准过高或不合理：

   • 如果扣罚标准过高，导致员工工资大幅减少，甚至影响其基本生活，这种扣工资行为也可能被认定为不合法。

员工权益保护

面对可能不合法的扣工资行为，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商解决：首先尝试与用人单位沟通，表达异议和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。

2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。

3. 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律手段来维护自己的权益。

综上所述，迟到早退扣工资是否合法取决于多个因素的综合考量。用人单位应确保规章制度的合法性、合理性和透明性；员工也应了解自己的权益和维权途径，并在必要时依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。