公司迟到早退扣基础工资是否合法，关键在于用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性，在一定条件下是合法的，但必须符合规章制度明确、程序合法、扣罚合理等条件，若违反这些条件，则可能不合法。以下从合法与不合法的情形分别进行分析：
合法情形
规章制度明确且合理：
- 用人单位应依法制定内部规章制度，明确规定迟到早退的扣薪标准，包括扣罚的额度、方式等。
- 规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体员工讨论通过，并已向员工公示告知，确保员工知晓并同意。
- 扣薪标准应公平合理，不能明显侵害劳动者权益，通常应考虑企业实际情况、行业惯例及迟到早退对工作的影响程度。例如，偶尔迟到几分钟与频繁迟到或长时间迟到，扣罚标准应有所区别。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到早退属于违反合同约定的行为，并规定了相应的扣薪条款，该条款也需公平合理，不能违反法律法规的强制性规定。
- 劳动合同中的扣薪约定应与规章制度相一致，形成对员工行为的双重约束。
扣罚合理：
- 扣工资的额度应当合理，确保扣罚金额与员工的过错相适应。一般来说，扣除的金额不应超出劳动者当月应得薪酬的一定比例（如20%），且扣除后的剩余工资不能低于当地最低工资标准。
- 例如，员工当月工资为5000元，迟到一次扣罚不应超过1000元（即20%），且扣罚后工资不得低于当地最低工资标准。
不合法情形
无规章制度或程序不合法：
- 用人单位没有相关规章制度，或规章制度的制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示告知），则直接扣工资的行为不合法。
- 例如，公司未制定任何关于迟到早退的扣薪规定，却突然对员工进行扣罚，这种行为缺乏法律依据。
扣罚标准过高或不合理：
- 如果扣罚标准过高，导致员工工资大幅减少，甚至影响其基本生活，这种扣工资行为也可能被认定为不合法。
- 扣罚标准应与实际情况相符，不能明显偏高或偏低。例如，员工仅迟到几分钟，却被扣罚半天工资，这种扣罚标准显然不合理。
员工权益保护
面对不合法的扣工资行为，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商解决：首先尝试与用人单位沟通，表达异议和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。例如，员工可以向公司人力资源部门提出异议，要求重新审视扣罚决定。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律手段来维护自己的权益。劳动仲裁是解决劳动争议的常用方式，若对仲裁结果不服，还可以向法院提起诉讼。
总之，公司迟到早退扣基础工资是否合法，需根据具体情况进行判断。作为员工，应了解自己的权益和维权途径，并在必要时依法维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。