公司因为迟到扣工资是否合法，主要取决于公司规章制度的制定程序是否合法、扣工资额度是否合理，以及是否存在特殊情况等因素。以下从多个角度进行详细分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度需合法制定：
- 公司规章制度，包括迟到扣工资的规定，必须通过民主程序制定，即经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度制定后，应向员工公示或告知，如通过公司公告栏张贴、员工手册发放并要求签字确认等方式，确保员工知晓并同意相关规定。
规章制度内容需合理：
- 规章制度中关于迟到扣工资的规定应合理，不能过高，且应符合《工资支付暂行规定》中关于扣除比例和最低工资标准的限制。例如，扣除的工资部分不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
二、扣工资额度的角度
扣除比例限制：
- 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
最低工资标准保障：
- 若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这是为了保障劳动者的基本生活需求。
三、特殊情况的角度
不可抗力等合理原因：
- 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、交通意外等，公司应考虑实际情况，避免盲目扣工资。
无故迟到的情况：
- 对于无故迟到的情况，公司在合理范围内扣工资是合法的。但扣工资的额度和方式仍需遵守上述规章制度和法律规定。
四、实际操作建议
完善规章制度：
- 公司应制定完善的规章制度，明确工作时间、迟到扣罚措施等内容，并确保规章制度的制定程序合法、内容合理。
公示与告知：
- 规章制度制定后，应及时向员工公示或告知，确保员工了解并同意相关规定，避免因此产生纠纷。
合理执行：
- 在执行迟到扣工资时，公司应遵循公平、公正的原则，根据迟到情况合理扣款，避免过度处罚影响员工的工作积极性和满意度。
员工维权途径：
- 若员工认为公司的迟到扣工资行为不合法或存在争议，可与用人单位协商解决；协商不成的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结来说，公司因为迟到扣工资是否合法，需结合公司规章制度、扣工资额度以及是否存在特殊情况等因素综合判断。公司在制定和执行相关规章制度时，应严格遵守法律法规的要求，确保劳动者的合法权益得到充分保障。员工在遇到不合理扣工资行为时，也应积极维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。