迟到扣全勤奖是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度合法且明确规定了全勤奖的扣发条件：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 如果公司规章制度中明确规定了全勤奖的发放条件和扣发情形，且该规章制度已经过民主程序制定并公示或告知劳动者，同时不违反法律、行政法规及政策规定，那么公司因员工迟到而扣发全勤奖是合法的。

2. 若公司规章制度未明确规定全勤奖的扣发条件，或规定违法：

   • 如果公司规章制度中未明确全勤奖的扣发条件，或者规定的扣发条件违反了法律、行政法规及政策规定，那么公司因员工迟到而扣发全勤奖就可能缺乏合法依据。
   • 例如，如果公司规章制度中规定的全勤奖扣发条件过于苛刻，或者与迟到次数、迟到时间等不直接相关，而是与员工的整体工作表现、工作态度等主观因素挂钩，且未经过民主程序制定并公示或告知劳动者，那么这种扣发全勤奖的行为就可能被视为违法。

法律建议：

• 对于员工而言，如果认为公司扣发全勤奖的行为违法，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣发全勤奖的具体依据和理由。如果沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，在制定规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，明确全勤奖的发放条件和扣发情形，并经过民主程序制定并公示或告知劳动者。同时，在执行规章制度时，应确保公平、公正、公开，避免出现违法扣发全勤奖等损害劳动者权益的行为。

可能后果：

• 如果公司违法扣发全勤奖，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。同时，公司还可能因违法扣发全勤奖而引发劳动争议，需要承担相应的法律责任和经济赔偿责任。

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