结论：公司上班迟到一分钟扣全勤奖是否合法，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。规章制度需经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。
- 若公司规章制度中明确规定了迟到一分钟即扣全勤奖，且该制度经过合法程序制定并公示，同时不违反法律法规的强制性规定，那么该制度在内部具有法律效力。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了全勤奖的发放条件，包括迟到一分钟即扣全勤奖的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么该条款对双方均具有约束力。
二、法律法规的考量
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。全勤奖作为工资的一部分，其扣减需有合法依据。
- 若公司规章制度或劳动合同中未明确规定迟到一分钟即扣全勤奖，或者该规定违反法律法规的强制性规定（如扣减金额超过法定限额），则公司扣减全勤奖的行为可能构成违法。
合理性原则：
- 即使公司规章制度或劳动合同中规定了迟到一分钟即扣全勤奖，该规定也需符合合理性原则。例如，扣减金额应与迟到时间、影响程度等相适应，不得过分苛刻或显失公平。
三、实际操作建议
审查规章制度与劳动合同：
- 劳动者应首先审查公司的规章制度和劳动合同，了解全勤奖的发放条件和扣减规定。
与公司协商：
- 若认为公司扣减全勤奖的行为不合理或违法，劳动者可以与公司进行协商，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司规章制度中明确规定，员工迟到一分钟即扣全勤奖100元。若该制度经过合法程序制定并公示，且劳动合同中也有相应约定，同时扣减金额未超过法定限额且符合合理性原则，那么公司扣减全勤奖的行为可能是合法的。反之，若该制度未经合法程序制定或公示，或扣减金额超过法定限额或显失公平，则公司扣减全勤奖的行为可能构成违法。
总结：公司上班迟到一分钟扣全勤奖是否合法，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。劳动者在遇到此类问题时，应首先审查相关规章制度和劳动合同，必要时可寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。